全自动细胞计数仪主要用于骨髓细胞，细胞化学染色结果，外周血细胞的分类和计数，并自动计算和分析各种指标。它还具有17种计算器功能，例如四个算术运算和通用统计计算。它的应用将大大减少临床医生和检查人员的工作量，避免复杂的计算，并且将比率提高3－4倍，是实验室中必要的仪器之一。
全自动细胞计数仪能够在1min以内对培养的细胞分析，并获得细胞活细胞和死细胞浓度、细胞平均体积大小、生存能力、细胞大小或体积分布曲线图。自动细胞计数器还有用于藻类，微生物等直径细胞计数器范围内的生物。相对血球计数板法，细胞计数仪计数更加准确，快速便捷，误差更小。
人工计数与细胞计数仪计数的原理其实都是一致的：细胞计数是为了让培养的细胞具有一定的密度以便其能够良好生长，一般以每毫升细胞数（细胞／ml）来表示计数结果。
对于免疫细胞治疗这块来说，需要对细胞浓度进行计算才能够用于治疗这块。这就需要测量死、活细胞的浓度。而在细胞中，不可避免的会出现因各种可能因素而导致死亡的细胞，总细胞数中活细胞所占的百分比称为细胞活力，也可叫做存活率。
在测定胞内外代谢物的时，可以知道每个细胞的胞内外代谢物的情况，避免了在平行实验或者是对照实验中由于细胞数量不同而造成的误差。细胞的存活率可以用于细胞毒性实验，药物处理实验，细胞凋亡实验等实验中。获得细胞体积直方图可以得到用来区别细胞的形态。
测定不同时间段的培养液中细胞的浓度，绘制细胞的生长曲线，确定细胞的倍增时间。这是细胞培养过程中必要的一项研究。它是了解培养细胞生长状态，测定培养基、血清和药物等物质生物作用的重要手段。
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